El edificio se comenzó a construir en 1848 para funcionar como Capitanía de Puerto, ya que se encontraba próximo al primer puerto de la ciudad, en el lugar donde hoy existe el balneario Itapé. Luego de la batalla de Caseros, se le agregó la función de Aduana Nacional, coexistiendo ambas funciones por largos años, hasta la construcción del Puerto Nuevo en el sector noreste de la ciudad.
Es Monumento Histórico Nacional y, desde 1970, funciona como sede de la Facultad Regional Concepción del Uruguay de la Universidad Tecnológica Nacional.
