Espléndida e imponente, la actual edificación de la Iglesia Virgen Niña se inició en 1936 por iniciativa del Presbítero Jorge Schroeder, cuyos restos descansan dentro del templo, y culminaría en 2000 con el levantamiento de las torrecitas del extremo superior que se anexan a la magnífica torre erigida en 1985. De estilo neogótico alemán, en su interior muestra pinturas con motivos religiosos que, adjuntas a su apariencia, conforman verdaderas obras de arte.
Sin embargo, su atractivo va más allá, y retrotrae a tiempos de la inmediata fundación de Villa Elisa, cuando los pioneros sintieron la necesidad de contar con una parroquia. Así, una comisión integrada por vecinos de la zona comenzó a juntar fondos con tal fin en 1891, y en 1893 Héctor de Elia dio el impulso definitivo al proyecto donando ciento veinte mil ladrillos y comprometiéndose a pagar con tierras la mano de obra del constructor a cargo.
Muchos de los ornamentos de la Iglesia fueron donados, realidad que refleja el sentimiento religioso de la colonia.
La floreciente capellanía de Villa Elisa, después de dieciséis años de existencia, fue declarada parroquia en junio de 1913 por un decreto de Monseñor Abel Bazán y Bustos, convirtiéndose en centro de la vida espiritual de una enorme zona.
