La Reducción Jesuítica de Yapeyú fue fundada en 1626 y este museo conserva testimonios de esa época.
En el parque que rodea el lugar se encuentra material lítico de gran tamaño, compuesto por columnas, piedras de las pircas y un reloj de sol realizado en piedra.
En el interior hay 5 salas, en las que se exhiben bases de columnas, ladrillos octogonales, ruedas de molienda, llaves, candados de hierro y bronce.
Existió aquí la Iglesia de los Jesuitas y de ella se conserva la imagen de la Virgen Morena, la Patrona de Yapeyú.
