Sometidos los pobladores originarios y separados de sus tierras en tiempos de la Campaña del Desierto, la presencia militar en esta región patagónica tenía como objetivo el fomento de la actividad agrícola- ganadera, de modo de ofrecer una base de asentamiento a los colonos que formarían los nuevos pueblos en el territorio conquistado.
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La historia de Cipolletti comenzaría con la instauración del Fortín Confluencia, levantado por las tropas del Ejército Argentino en junio de 1879, en la unión de los ríos Limay y Neuquén. Debido a su rápida destrucción, meses después se construiría un nuevo reducto, denominado esta vez Fortín 1ra. División.
Vendidas o entregadas las tierras de la región, el coronel Fernández Oro funda Colonia Lucinda, cuyo dinamismo llegaría con el paso del Ferrocarril y la construcción del Puente sobre el río Neuquén. Posteriormente el coronel fraccionará su propiedad, fundándose así en octubre de 1903 la Estación Limay de la Colonia Lucinda.
Recién en 1927 este nombre sería cambiado por el de Cipolletti en honor al Ingeniero César Cipolletti, una gran personalidad que aportó al desarrollo del Alto Valle.
