Este Museo cuenta con una valiosísima colección de archivos, piezas, colecciones de material etnográfico y arqueológico. Se trata de un verdadero Museo de Ciencias Naturales, que se ha especializado en muestras y exposiciones paleontológicas, principalmente sobre culturas indígenas del noroeste argentino, Patagonia, Litoral y hasta de Brasil.
El rescate de esas culturas, ha permitido que el Museo de Antropología de la Universidad de Córdoba, conservara una gran colección de objetos de arte indígena como vasijas, pinturas y tejidos, de increíble valor histórico-social. Por otro lado, a lo largo de los años el museo ha ido trabajando en torno a la recolección de materiales bioantropológicos, producto de investigaciones de campo propias y de rescate.
