La localidad de Misión San Francisco de Laishí se ubica al sur de la Provincia de Formosa, en el Departamento Laishí. Se encuentra a 64 kilómetros de Formosa Capital; a 179 kilómetros de Clorinda.

Desde Formosa Capital
Se llega a Misión San Francisco de Laishí a través de la Avenida Luis Gutniski para luego tomar la Ruta Nacional Nº 11. Seguir por la Ruta Provincial Nº 1 y finalmente la Ruta Provincial Nº 5.

Desde Clorinda
Se debe tomar la Ruta Nacional Nº 11. Atravesar la ciudad de Formosa capital y luego retomar la Ruta Nacional Nº 11; seguir por la Ruta Provincial Nº 1 y la Ruta Provincial Nº 5 para arribar a destino.

Desde el noroeste y el centro de la Provincia de Formosa
Se llega a Misión San Francisco de Laishí Ruta Nacional Nº 81 y la Ruta Provincia Nº 5.