La localidad de San Francisco se ubica en el este de la Provincia de Jujuy. Se encuentra a 20 kilómetros del Parque Nacional Calilegua; a 35 kilómetros de Calilegua; a 118 kilómetros de San Salvador de Jujuy.

Desde San Salvador de Jujuy
Se debe tomar la Ruta Nacional Nº 66; luego tomar la Ruta Nacional Nº 34 y por último seguir por la Ruta Provincial Nº 83.

Desde Libertador General San Martín
A través de la Ruta Provincial Nº 83.

Desde el norte de la Provincia de Jujuy
Debe tomar la Ruta Nacional Nº 9 hasta San Salvador de Jujuy. Desde allí tomar la Ruta Nacional Nº 66; Ruta nacional Nº 34, y por último la Ruta Provincial Nº 83.

Desde el oeste de la Provincia de Jujuy
Se llega a San Francisco tomando la Ruta Nacional Nº 52; luego la Ruta Nacional Nº 9 hasta San Salvador de Jujuy y luego seguir el itinerario anterior.