Entró en funciones en 1997 con el objetivo de estudiar y preservar el material prehistórico existente en la región de Punilla. El incentivo provino de las autoridades comunales, quienes contactaron con especialistas de la Universidad Nacional de Córdoba para manifestar su interés y proponer el proyecto.
Actualmente, el Museo Arqueológico de Mayu Sumaj se presenta como una alternativa única en el desarrollo cultural y turístico de la provincia de Córdoba en cuanto a promoción de los conocimientos obtenidos sobre el pasado más remoto de las sierras, particularmente en la región del Valle de Punilla.
El desarrollo cultural prehistórico reconstruido con los hallazgos permite hablar de más de 12 mil años de antigüedad, en tanto que otras valiosas piezas descubren el contacto de las poblaciones nativas con los conquistadores europeos en el siglo XVI.