Integran el conjunto denominado Manzana Franciscana formado por la Iglesia, el Museo Arqueológico Inca Huasi, el Convento y la Escuela de San Francisco. Fue construida sobre las ruinas de la iglesia anterior derrumbada por el terremoto del 27 de Octubre de 1894. El templo conserva las imágenes de San Francisco Solano y el Niño Alcalde quienes, veneradas por la fe popular, peregrinan todos los años (segundo domingo de agosto) hacia Las Padercitas, en recordación del milagro de la conversión al cristianismo de los indígenas de este suelo, logrado por San Francisco Solano el 15 de Abril de 1593, oportunidad en que el Niño Jesús es proclamado Alcalde de la Ciudad. En el Convento también se encuentra la celda que habitó San Francisco Solano durante su paso Evangelizador por la Provincia y el Naranjo Histórico plantado por el mismo en 1592.
